Богашёвское сельское поселение: с. Богашёво, деревня Аксёново, деревня Белоусово, деревня Вороново, железнодорожный разъезд Каштак, деревня Сухарево, деревня Овражное, железнодорожный разъезд Петухово, деревня Некрасово, п. Ягодное, с. Петухово, с. Лучаново, д. Ипатово, д. Магадаево. Заречное сельское поселение: село Кафтанчиково, деревня Барабинка, деревня Головино, деревня Кисловка, село Тахтамышево, деревня Чёрная Речка. Калтайское сельское поселение: село Калтай, деревня Кандинка, Межениновское сельское поселение: село Межениновка, посёлок Басандайка, посёлок, Заречный, посёлок Смена, железнодорожный разъезд 26 км, железнодорожный разъезд 41 км.

Зоркальцевское сельское поселение: село Зоркальцево, деревня Берёзкино, деревня Борики, деревня Быково, деревня Коломино, деревня Кудринский Участок, посёлок Кайдаловка, деревня Нелюбино, деревня Петрово, деревня Петровский Участок, деревня Поросино, деревня Попадейкино, пос. 86-й квартал. Корниловское сельское поселение: село Корнилово, деревня Лязгино, деревня Бодажково, деревня Аркашево, деревня Малая Михайловка, деревня Сафроново. Мирненское сельское поселение: посёлок Мирный, деревня Большое Протопопово, деревня Малое Протопопово, деревня Плотниково, посёлок Трубочево. Моряковское сельское поселение: село Моряковский Затон, деревня Козюлино, деревня Красноигловск, деревня Новоигловск, деревня Нагорный Иштан, село Половинка, посёлок Поздняково, деревня Салтанаково, деревня Губино. Рыбаловское сельское поселение: село Рыбалово, деревня Карбышево, деревня Лаврово, деревня Верхнее Сеченово, деревня Чернышевк.

Итатское сельское поселение: село Итатка, посёлок Каракозово, село Томское, посёлок Южный, посёлок Чёрная Речка. Копыловское сельское поселение: посёлок Копылово, деревня Конинино, деревня Кусково, деревня Постниково, посёлок Рассвет, железнодорожный разъезд 104км. Малиновское сельское поселение: село Малиновка, деревня Ольговка, село Александровское, посёлок Заречный, деревня Москали, посёлок Молодёжный. Наумовское сельское поселение: село Наумовка, деревня Бобровка, деревня Георгиевка, деревня Михайловка, деревня Надежда, село Петропавловка. Новорождественское сельское поселение: село Новорождественское, деревня Мазалово, деревня Новостройка, деревня Романовка, деревня Усманка. Октябрьское сельское поселение: село Октябрьское, деревня Николаевка, деревня Ущерб, железнодорожный разъезд 129 км.

Богашёвское сельское поселение: деревня Писарево, деревня Просекино, посёлок Ключи, посёлок Госсортучасток. Воронинское сельское поселение: деревня Воронино, деревня Новомихайловка, село Семилужки, село Сухоречье, деревня Милоновка, деревня Омутное, Зональненское сельское поселение: посёлок Зональная Станция, деревня Позднеево, Калтайское сельское поселение: село Курлек, деревня Берёзовая речка, деревня Госконюшня, Микрорайон Южные ворота: Зональная станция (Томкий район) Майская ул., Зональная станция (Томкий район) Королева ул. Микрорайон Южные ворота: Зональная станция (Томкий район) Тояновская ул., Зональная станция (Томкий район) Виталия Грачева ул., Зональная станция (Томкий район) Ягодная ул., Зональная станция (Томкий район) Озерная ул., Зональная станция (Томкий район) Лазурная ул. Мирненское сельское поселение: посёлок Аэропорт. Спасское сельское поселение: село Батурино, деревня Казанка, село Коларово, село Яр, село Вершинино, посёлок Синий Утес. Турунтаевское сельское поселение: село Турунтаево, село Новоархангельское, деревня Спасо-Яйское, деревня Подломск, деревня Перовка, деревня Горьковка, деревня Халдеево, деревня Суетиловка.